37000gcom威尼斯2023年第4期数理大讲堂

暨“喜迎90周年校庆”系列讲座第19期

报告题目： 靶标蛋白-配体选择性机理的动力学研究

报告专家：王立飞（山东交通学院理学院教授）

报告时间：2023年4月14日上午10:00

报告地点：南3B205

主 持 人：熊伟

摘要：

研究配体和靶标蛋白的作用机理一直都是计算机辅助药物分子设计中的核心问题之一。分子动力学模拟能提供靶标蛋白构象变化的原子层次信息而结合自由能为药物研发提供重要的亲和能信息。近年来,世界范围的研究者已研发多种结合自由能计算方法并广泛推广应用。本次讲座主要介绍近期两项工作，一个是X64、X3A和4AU三种小分子抑制剂对CDK2和CDK6两种蛋白选择性机理研究。另外一个是67B、67C和69G三种小分子抑制剂对BRD9和TAF1(2)两种蛋白选择性机理研究。在分子动力学演化过程中，我们采用近年来发展起来的多轨迹分子动力学方法对小分子与蛋白结合过程进行模拟，采用MM-GBSA方法计算结合自由能，并且利用均方根波动（RMSF）、动态相关图（DCCM）以及结合自由能（BFE）计算等多种技术手段进行详细分析讨论。这两项工作可以合理预测结合自由能，通过动力学过程分析识别出结合热点，为实验得出的相应结果提供合理的理论解释，为后期药物研发提供理论支持。

报告专家简介：

王立飞，物理系主任，博士，教授。2012年毕业于山东大学原子分子物理专业，获得理学博士学位，2013年2月至2013年4月在新加坡南洋理工大学担任Projector Officer。2013年5月到山东交通学院理学院工作至今，担任校级分子建模与仿真计算平台主任，主持国家自然科学基金和山东省自然科学基金各一项，主持教育部产学研协同育人项目两项，发表SCI学术论文三十余篇，主编教材一部。2018年开始担任物理系主任，负责应用物理学专业建设，组织全校学生参加山东省大学生物理竞赛、物理科技创新大赛、光电设计大赛和科技馆展品大赛等省级和国家级比赛，并且多次担任评委专家和评委组长，指导学生获奖七十余项，多次荣获省级优秀指导教师和优秀组织奖。目前主要从事配体-靶标蛋白的准确结合自由能计算以及小分子抑制剂对不同蛋白的选择性机理研究。